Автономное учреждение, как и бюджетное, выполняет социально значимые функции (образование, наука, культура и пр.), но в то же время наделяется, по сравнению с бюджетным учреждением, гораздо более широкой финансово-хозяйственной и имущественной самостоятельностью. Это своего рода «гибрид», сочетающий в себе признаки некоммерческой и коммерческой организаций.
Финансирование школы проводится из двух источников: бюджетного (то есть, обучение в рамках образовательного стандарта остается бесплатным) и внебюджетного (например, от оказания платных образовательных услуг, выходящих за рамки образовательного стандарта; всевозможные гранты). Доходы автономного учреждения остаются в его самостоятельном распоряжении, используются им для достижения целей, ради которых оно создано, и не относятся к доходам бюджета. Возможность самостоятельного распоряжения имуществом позволит более эффективно использовать основные фонды, что поможет превратить бюджет школы из «бюджета выживания» в бюджет, ориентированный на развитие.